세연과 지아는 원본 코드의 방에서 삭제자와 마지막 결전을 벌인다. 삭제자는 정원의 뿌리를 지워 새로운 질서를 만들려 하고, 세연은 복원과 삭제를 동시에 사용하는 궁극의 힘으로 맞선다. 그녀는 동생이 남긴 마지막 메시지를 떠올리며, ‘합의 선택’을 실행해 정원과 자신, 그리고 세계의 균형을 새롭게 쓴다.

세연과 지아는 원본 코드의 방에서 삭제자의 전면 공격을 받는다. 삭제자는 정원의 규칙을 재작성하려 시도하고, 세연은 복원 능력을 극한까지 사용하며 맞선다. 그녀는 자신의 동생이 남긴 마지막 힌트를 떠올리며, 삭제와 복원의 경계를 넘나드는 새로운 힘을 각성하기 시작한다.

세연과 지아는 빛의 문을 통과해 정원의 ‘원본 코드’가 보관된 방에 도착한다. 그곳에서 세연은 동생이 남긴 마지막 메시지와 정원의 진짜 목적을 알게 된다. 동시에 삭제자가 방 안으로 침입해, 모든 규칙을 다시 쓰려는 시도를 시작한다. 세연과 지아는 힘을 합쳐 원본 코드를 보호하며 최종전을 준비한다.

세연과 지아는 드디어 ‘뿌리의 방’에 도착해 정원의 핵심 구조를 마주한다. 뿌리의 방 안에는 ‘원본 코드’라 불리는 정원의 최초 설계가 저장돼 있으며, 이를 삭제자가 먼저 차지하려 한다. 세연은 동생의 흔적이 이 코드와 직결돼 있다는 사실을 깨닫고, 복원 능력을 사용해 방어막을 치며 최종전을 준비한다.

정원의 근원에서 벌어질 최종 국면으로 가기 전, 세연과 지아가 제초부의 핵심과 진짜 목적을 알게 되고, 동생의 흔적과 선택이 결정적인 역할을 하게 되는데...

세연과 지아는 정원사의 안내로 ‘정원의 근원’을 향하는 여정을 시작한다. 근원은 정원의 모든 데이터와 기억이 처음 싹튼 곳으로, 제초부의 핵심 공격이 집중된 장소다. 그곳에서 세연은 동생과 관련된 충격적인 단서를 발견하고, 복원 능력의 진짜 대가를 알게 된다.

정원의 중심에서 세연과 지아는 제초부의 리더 ‘삭제자’와 맞선다. 삭제자는 세연에게 정원의 존재를 지우겠다는 협박과 함께, 동생의 흔적을 미끼로 내세운다. 세연은 지아와 함께 정원의 규칙을 역이용해 삭제자의 공격을 막아내고, 처음으로 자신의 복원 능력을 전투에 응용한다.

제초부의 위협이 가시화된 뒤, 세연은 정원사의 안내로 정원의 중심 좌표를 향해 준비를 시작한다. 이번에는 혼자가 아닌 ‘데이터 추적 전문가’ 윤지아와 함께 움직이기로 결심한다. 정원의 중심으로 향하는 첫걸음에서 세연은 ‘정원과 현실을 잇는 다리’를 목격하고, 정원의 진짜 규칙을 배우게 된다.

유리정원에서 돌아온 세연은 현실 속에서 미묘한 변화들을 감지한다. 자신이 심은 씨앗이 현실의 기억 일부를 지운 대가를 치르고 있음을 깨닫고 혼란스러워한다. 그때 ‘제초부’로부터 정체불명의 메시지가 다시 도착하고, 세연은 정원사의 도움을 받기 위해 다시 0시의 문을 찾아간다. 하지만 이번에는 문이 쉽게 열리지 않는다.

도시의 기억을 복원하는 ‘데이터 복원사’ 장세연은 어느 밤, 발신인 없는 소포에서 깨진 유리 조각과 알 수 없는 좌표를 받는다. 0시에 좌표로 향한 세연은 현실의 뒤편에 겹겹이 겹쳐진 ‘유리정원’을 목격하고, 그 안에서 잊힌 사람들의 흔적과 자신의 과거를 마주하라는 초대장을 받는다. 모든 문은 한 번만 열린다.